Маршрут такой: Россия—Китай на 5 дней, потом Корея на 3 дня, дальше Япония. На корейской границе такой короткий маршрут не вызовет вопросов?

Сам по себе маршрут через несколько стран не является причиной для отказа. Для Кореи важно, чтобы вы имели право на въезд, могли понятно объяснить три дня пребывания и показать дальнейший билет в Японию, жильё и достаточные средства. Данные в K-ETA/e-Arrival должны совпадать с фактическим маршрутом; окончательное решение всё равно остаётся за иммиграционным офицером.